含氟廢水在處理時，可以采用離子交換樹脂除氟法、超濾膜法、電凝聚法、電滲析法以及沉澱法和吸附法，在結合成本和處理效率的前提下，常用的處理方法主要使用沉澱法和吸附法。
吸附法在水量較小的飲用水進行深度處理時適用，處理過程是將吸附劑裝入填充柱中，通過動態吸附的方式進行淨化。吸附法除氟操作簡單且效果穩定，常用的吸附劑有活性氧化鋁、骨炭或者沸石、膨潤土以及活性炭等。
沉澱法除氟主要有化學沉澱法和混凝沉澱法兩種，化學沉澱法采用石灰或電石渣沉澱，通過石灰中的鈣離子與氟離子發生反應生成氟化鈣後沉澱以去除氟離子，一般用於處理高濃度含氟廢水。混凝沉澱法是利用了混凝劑在水中形成了帶正電的膠粒，膠粒在水中吸附氟離子並在相互作用下凝聚成較大的絮狀物沉澱在水底，以去除水中的氟離子，一般適用於含氟量較低的廢水處理。
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